«Повелением императора Николая I заложена церковь на Бабигоне, близ Петергофа, во имя святой благоверной Царицы Александры, лета 1851, августа 11» и камень, доставленный из Святой земли с берегов Иордана. Строительство церкви было завершено 22 августа 1854 года и освящена в присутствии императора Николая I, императрицы и всех особ императорской фамилии. По окончании Божественной литургии государь благодарил при всех управляющего Петергофом генерала Лихардова, архитектора Штакеншнейдера, а также купца Тарасова и всех принимавших участие в строительстве. Богослужения в церкви святой мученицы царицы Александры продолжались до осени 1940 года, когда был составлен проект превращения ее в клуб с кинозалом. Начавшаяся война помешала осуществить это намерение.
В период Великой Отечественной войны церковь оказалась на линии огня в самом центре военных действий. Бомбовые удары и артиллерийские обстрелы причинили зданию сильные повреждения. После войны в здании бывшей церкви длительное время была совхозная мастерская. Одновременно подвальное помещение использовалось в качестве овощного хранилища. Около 10 лет здание оставалось бесхозным. 6 мая 1998 года на престольный праздник в храме святой мученицы Царицы Александры по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского, после длительного перерыва была совершена Божественная Литургия. С этого времени начинается новый этап в жизни храма. С 7 апреля 1999 года в церкви совершаются регулярные богослужения, одновременно ведутся восстановительные работы.